Text mining för cancerforskning och riskbedömning
CRAB, CHAT och LION-projekten utvecklar datorbaserad metodik för cancerforskning och cancerriskbedömning. Projekten är ett samarbete med (UK) och ger nya verktyg som stödjer riskbedömare och forskare i hanteringen av stora mängder text. Verktygen använder text-mining-teknik och ”literature-based discovery”, områden inom datavetenskapen som kan upptäcka ”dold” kunskap genom att automatiskt extrahera information från den skrivna texten i miljontals artiklar. Vi utvecklar och integrerar teknikerna i de tre verktygen CRAB, CHAT och LION. De ska bidra till effektiv hantering av information om cancer och cancerrisker. LION kan också upptäcka ”nya” samband i stora mängder artiklar och ge forskningshypoteser. LION-projektet är ett samarbete med (UK) och (UK).
Länkar till projekten:
- – Analyserar och klassificerar litteratur för cancerrisk-bedömning
- – Klassificerar litteratur enligt ”hallmarks of cancer”-konceptet
- – “literature based- discovery” tool för generering av nya hypoteser inom cancerbiologi
Kontakt
Ulla Stenius
ProfessorPublikationer
Ali I, Dreij K, Baker S, Högberg J, Korhonen A, Stenius U
Environ Health Perspect 2021 Jun;129(6):67008
Pyysalo S, Baker S, Ali I, Haselwimmer S, Shah T, Young A, et al
Bioinformatics 2019 05;35(9):1553-1561
Technology Networks, November 28, 2018.
Baker S, Ali I, Silins I, Pyysalo S, Guo Y, Högberg J, et al
Bioinformatics 2017 Dec;33(24):3973-3981
Larsson K, Baker S, Silins I, Guo Y, Stenius U, Korhonen A, et al
PLoS ONE 2017 ;12(3):e0173132
Ali I, Guo Y, Silins I, Högberg J, Stenius U, Korhonen A
Toxicol. Lett. 2016 Jan;241():32-7
Baker S, Silins I, Guo Y, Ali I, Högberg J, Stenius U, et al
Bioinformatics 2016 Feb;32(3):432-40
Silins I, Korhonen A, Stenius U
2014 ;5():145
Guo Y, Silins I, Stenius U, Korhonen A
Bioinformatics 2013 Jun;29(11):1440-7
Korhonen A, Séaghdha DO, Silins I, Sun L, Högberg J, Stenius U
PLoS ONE 2012 ;7(4):e33427
Silins I, Korhonen A, Högberg J, Stenius U
Integr Environ Assess Manag 2012 Jul;8(3):412-7
Guo Y, Korhonen A, Silins I, Stenius U
Bioinformatics 2011 Nov;27(22):3179-85
Guo Y, Korhonen A, Liakata M, Silins I, Hogberg J, Stenius U
BMC Bioinformatics 2011 Mar;12():69
Guo Y, Sun L, Korhonen A, Liakata M, Silins I, Sun L and Stenius U (2010).
In Proceedings of Bio-Natural Language Processing (BioNLP) Uppsala, Sweden.
Korhonen A, Silins I, Sun L, Stenius U
BMC Bioinformatics 2009 Sep;10():303
Sun L, Korhonen A, Silins I, and Stenius U. (2009).
In Proceedings of the Natural Language Processing in Biomedicine (BioNLP) 2009. Boulder, Colorado.
A New Challenge for Text Mining: Cancer Risk Assessment.
Lewin I, Silins I, Korhonen A, Hogberg J and Stenius U. (2008).
In Proceedings of the ISMB BioLINK Special Interest Group on Text Data Mining. Toronto, Canada.