Vår forskning
Vår forskning tillämpar systemmedicin för att studera vanligt förekommande komplexa sjukdomar, med ett historiskt fokus på inflammatoriska och metabola sjukdomstillstånd och hur de driver utvecklingen av kranskärlssjukdom. Vi skapar unika kliniska biobanker för att generera multi-modal omik data på vilka vi applicerar AI-baserade systemanalyser för att ta fram tillförlitliga äٱǻ av mänsklig biologi och sjukdom både på vävnads- och cellnivå.
Överbrygga kunskapsgapet
Ett kärnuppdrag i vår forskning är att överbrygga kunskapsgapet mellan å ena sidan vår mestadels djupa förståelse för enskilda biologiska signalvägar (”pathways”) å andra sidan etablerade funktioner hos integrerade organsystem. I detta syfte är vi övertygade om att äٱǻ kommer att spela en helt avgörande roll inte minst för att uppfylla löften om precisionsmedicin genom att:
- Förbättra riskprediktion samt höja den diagnostisk precisionen framför allt genom en bättre patientstratifiering baserat på molekylära avtryck.
- Identifiera nya, mer effektiva behandlingsmål framför allt i form av nätverks-”hubbar” (”network key drivers”).
- Via nätverksbiomarkörer i blod skapa förutsättningar för att följa behandlingars molekylära effekter.
För att uppnå dessa mål applicerar vi AI-baserade systemanalyser på kliniska databaser som integrerar detaljerad och omfattande patientinformation inklusive bilddata med heltäckande multi-omik screening på vävnads och cellnivå (genomik, epigenetik, transkriptomik, proteomik och metabolomik).
STARNET Biobank
(Stockholm-Tartu Atherosclerosis Reverse Network Engineering Task) Biobank är en internationellt erkänd och central resurs för forskning inom systemgenetik och systemmedicin.
STARNET initierades vid ̽ѡ 2003 och är sedan 2007 ett samarbete med Tartu Universitetssjukhus i Estland. Biobanken har samlat in vävnadsprover från närmare 2 000 kliniskt väl karakteriserade patienter som genomgår hjärtkirurgi, med eller utan kranskärlssjukdom. Provtagning omfattar:
- Blod: helblod, plasma, samt primära makrofager och skum (”foam”) celler
- ää: Specifikt aortaväggen med avancerad åderförkalkning och den friska eller lätt åderförkalkade inre bröstkärlsartären (”internal mammary artery”).
- Metabola Vävnader: lever, skelettmuskel samt visceralt och subkutant fett.
- Tarmmikrobiom: Sedan 2017 samlar vi in avföringsprover för profilering av tarmmikrobiomet.
- 5-års mortalitet och sjukdomsbild från journaler och patientregister
Systemmedicinsk påverkan
Sedan 2013 har vi mestadels på basen av STARNET genererat omfattande multi-omik-data initialt på vävnadsnivå men på senare tid även i enskilda celler. Bredden av multi-cell och multi-vävnadsdata är unik, vilket gör STARNET högt värderad inom systemmedicin framför allt inom kardiovaskulära och metabola sjukdomstillstånd men även inom den bredare internmedicinsk forskningen. Som en konsekvens har vi under åren lyckats främja ett stort antal globala samarbeten, inte minst med avseende på mekanistiska insikter till stora kliniska populationsstudier som Genome-Wide Association Studies (GWAS).